звільнено за непридатністю 25 чоловік”, — читаємо в “Доповідній записці про стан і приймання архівів Київської області” заступнику народного комісара внутрішніх справ УРСР (ф. Р-907, оп. 1, спр. 52).
Незважаючи на труднощі, збирання документів та їх опрацювання в архіві тривали. На початок 1941 р. в Київському обласному історичному архіві вже налічувалось 5 677 фондів (3 888 650 справ) і до 30 тонн розпису (ф. Р-910, оп. 2, спр. 7).
У липні 1941 р., з початком боїв за Київ, найбільш цінні документи архіву в кількості 300 фондів, 43 405 справ було вивезено до м. Харкова, а в 1942 р., у зв'язку із загрозою захоплення міста нацистами, — до м. Златоуста Челябінської області. Основна частина фондів залишилась у Києві. Наслідки окупаційного періоду для цих документів були тяжкими.
17 вересня 1941 р. прямим попаданням бомби було знищено будівлю Феодосіївської церкви, в якій знаходилось архівне сховище. За приблизними підрахунками, загинуло більш як 1 200 фондів (39 500 справ) і 10 тонн розсипу, а також весь довідковий апарат відділу фондів Жовтневої революції і соцбудівництва (ф. Р-910, оп. 2, спр. 7, арк. 1–3).
Під час нацистської окупації на території Києва міськуправою було створено Крайовий історичний архів (листопад 1941 р.), до складу якого увійшли фонди обласного архіву та інших архівних установ, що залишились у місті. В 1942 р. його було підпорядковано керівнику Крайового управління архівами, бібліотеками і музеями доктору Вінтеру, за наказом якого спеціально прибулі німецькі спеціалісти відбирали документи, що висвітлювали питання встановлення в містах України Магдебурзького права, життя в Україні німецьких колоністів, перебування тут німців в 1918 р. та ін. Виявлені документи було вилучено і вивезено до Німеччини. Втрати обласного історичного архіву становили близько 2 тис. справ.
У цьому ж, 1942 році матеріали зі сховищ Воскресенської, Економічної та Зачатіївської церков, дзвіниці Києво-Печерської Лаври були перевезені нацистами до Музейного містечка, де їх звалили у хаотичному стані, а обладнання сховищ розграбували.
У вересні–жовтні 1943 р. німецькою військовою частиною, що розташовувалась у південній частині Музейного містечка, всі наявні у церкві Різдва документи — 70 фондів, приблизно 150 тис. справ, були викинуті зі сховища і використані для укріплення траншей і опалення бліндажів. 4 листопада 1943 р. нацисти підпалили будівлю по вул. Кірова, де згоріли 103 фонди, 240 480 од. зб. обласного історичного архіву. Усього під час війни було вивезено і знищено 1 373 фонди (787 480 справ), близько 10 тонн розсипу, весь довідковий апарат радянського періоду (ф. Р-910, оп. 2, спр. 7). Нацисти повністю зруйнували 5 сховищ, частково зруйнували, зробивши непридатними, 3 сховища, знищили частину обладнання.
Київський обласний історичний архів відновив свою роботу 8 листопада 1943 р., через два дні після визволення Києва. Уже до 15 листопада співробітниками архіву за допомогою населення, залученого
