оружну боротьбу з військом царя Петра I. Та сили були занадто нерівні. Російське військо під приводом полковника Яковліва та запорожського зрадника Гната Галагана весною 1709 року підступило до Січі. Гордієнко з Запорожським Військом був під той час на Полтавщині і не зміг поспіти на поміч кільком стам запорожців, що лишалися на Січі, і вони, хоч і завзято під приводом наказного кошового Якима Богуша обороняли «свою «неньку», але врешті решт москалі добули спочатку Чортомлицьку Січ, а через два дні і старе Городище з скарбницею й церквою.
Розлютовані завзятим змаганням запорожців, Галаган та Яковлів не лишили в Січі камня на камні: куріні були попалені, з церкви винесли тільки іконостас, саму ж церкву теж спалили. Не лишили цілим навіть кладовища — на ньому побили всі надгробки й каплиці.
У наші часи Базавлуцький острів, або Городище, дуже змито водою. Невеликий у XVI віці, він тепер став вже зовсім малим, а з ознак січовоі будівлі на ньому лишилася тільки яма з шматками битої цегли од підмурків січової церкви та ледве помітні ознакі окопів. Од Чортомлицькоі Січі збереглися на березі, трохи вище Городища, січові окопи, позастроювані тепер хатами слободи Капулівки, а вище тих окопів у дворі селянина Мазая у пошані стоіть поновлена за часів Новоі Січі могила кошового Івана Сірка.
Нижня половина Чортомлицькоі Січі змита річками, так що певного плану Січі неможливо собі уявити.
