Для роботи конференції було створено чотири основні комісії: з підготовки загальних положень Статуту ООН; з підготовки положень про склад, права та обов'язки Генеральної Асамблеї ООН, Економічної і Соціальної Ради ООН та Ради з опіки; з підготовки положень про склад, функції та повноваження Ради Безпеки ООН; з розгляду правових проблем. Було також створено: Керівний комітет, який координував роботу конференції, до складу якого увійшли голови усіх делегацій; Виконавчий комітет, що узгоджував роботу конференції, складався із глав делегацій Австралії, Бразилії, Великої Британії, Ірану, Канади, Китаю, Мексики, Нідерландів, СРСР, США, Чехословаччини, Чилі та Югославії; Координаційний комітет, що розробляв структуру Статуту й узгоджував положення, підготовлені технічними комітетами, до складу якого входили представники делегацій, представлених у Виконавчому комітеті.
282 делегати конференції і 1500 радників та експертів працювали над розробкою Статуту міжнародної організації, яка мала замінити Лігу Націй. Представниками держав, запрошених до роботи на конференції на 9 пленарних та 400 засіданнях різних комісій та комітетів, що відбулися протягом двомісячної роботи, було представлено близько 1200 поправок і зауважень до проекту Статуту ООН.
Розробка Статуту ООН здійснювалася на основі пропозицій, підготовлених Думбартон-Окською конференцією 1944, положень щодо процедури голосування в Раді Безпеки ООН, узгоджених на Кримській конференції під назвою «ялтинська формула», і доповнень та поправок держав-учасниць конференції.
Відповідно до пропозицій, висунутих в Думбартон-Оксі, на конференції було вирішено покласти головну відповідальність за підтримку миру та безпеки у світі на Раду Безпеки й надати їй право діяти від імені всіх членів ООН. Гостра дискусія виникла навколо визначення прав Генеральної Асамблеї та Ради Безпеки ООН. Пропонувалося надати Генеральній Асамблеї ООН такі ж права, як і Раді Безпеки ООН. Проти цієї пропозиції виступили делегації СРСР, УРСР та БРСР. Важливе місце посіло обговорення процедури голосування в Раді Безпеки ООН, в основу якого було покладено принцип одноголосності постійних членів, запропонований на Кримській конференції при голосуванні з питань застосування збройної сили, визначення реалістичності загрози миру, схвалення спеціальних воєнних угод, підготовки та застосування міжнародних збройних сил, прийняття нових членів, питання про порядок голосування в Раді Безпеки. У ході гострої дискусії було схвалено рішення про порядок голосування в Раді Безпеки відповідно до узгоджених Кримською конференцією положень.
Тривалі дебати розгорнулися щодо питання про опіку. В результаті учасники конференції домовилися визнати головним завданням опіки
