де французькою владою у грудні 1917 було прийнято декрет про організацію у Франції автономної армії із чехів і словаків і підпорядкування усіх чехословацьких збройних сил, у тому числі Чехословацького корпусу в Росії, Верховному головнокомандуванню Франції. Згодом, у 1920-ті рр., президент ЧСР Т. Масарик називав Чехословацький корпус «автономною армією, але в той же час і складовою частиною французької армії», оскільки «ми залежали в грошовому відношенні від Франції і від Антанти». Це ставило чехословацьких легіонерів у Росії (тепер вони називалися саме так) у залежність від рішень Антанти, зокрема французького уряду й військового командування, які вимагали переправки усього чехословацького війська до Франції. Нарешті, 16 лютого 1918 Муравйов повідомив Масарику, що уряд радянської Росії не має заперечень проти від'їзду чехословаків до Франції. Уклавши угоду про нейтралітет Чехословацького корпусу, як з радянською владою, так і з Центральною Радою, Томаш Масарик 22 лютого покинув Київ, а 7 березня виїхав з Москви до Владивостока.
На цей час Чехословацький корпус у Росії, більша частина якого вже розміщувалася в Житомирі, складався з двох дивізій, восьми піхотних полків, двох артилерійських бригад, інженерного полку, багатьох команд і запасної бригади, загальною кількістю понад 45 тис. чол. Після виходу радянської Росії з війни і підписання Брест-Литовського мирного договору урядами УНР і РРФСР з державами Четвертного союзу та появи німецько-австрійсько-угорських військ на Україні, корпус наприкінці лютого 1918 перейшов на територію Лівобережної України. Невелика частина чехословаків (бл. 200 осіб) під впливом більшовицької пропаганди вийшла зі складу корпусу і влилася до складу інтернаціональних бригад Червоної армії. На початку березня 1918 з Франції надійшов наказ про термінове виведення корпусу з України і транспортування його до Франції по Транссибірській залізниці до Владивостока і далі через Тихий океан до Європи. В середині березня його 6-й, частково 7-й та 4-й полки вели арьергардні бої спільно з більшовицькими військами з 91-ою німецькою дивізією у Бахмача, що дозволило іншим частинам корпусу терміново евакуюватися.
26 березня 1918 в Пензі представники РНК РРФСР, ЧСНР в Росії та Чехословацького корпусу підписали угоду, за якою гарантувалася безперешкодна відправка підрозділів чехословацького війська до Владивостока і зазначалося, що «чехословаки просуваються не як бойові одиниці, а як група вільних громадян, що беруть з собою певну кількість зброї для свого самозахисту від замахів з боку контрреволюціонерів… Рада народних комісарів готова надати їм всіляке сприяння на території Росії за умови їх чесної і щирої лояльності». Спеціальним наказом по корпусу визначалася кількість дозволеної для самозахисту зброї: у кожному
