Антикатолицький рух на Поділлі набирав чимдалі ширшого розмаху. Це бентежило служителів католицької церкви. У 1622 році постійний представник римського папи у Варшаві доповідав Ватікану, що «населення Волині, Русі і Поділля повернулося до схизми разом з епіскопами, які їздили висвячуватись у Москву»[1].
Соціально-економічні й національно-релігійні суперечності загострилися до краю. І даремно польська шляхта чванилась, що настало десятиріччя «золотого спокою» (1638–1648 рр.)[2]. Це було затишшя перед бурею. В 1648 році під керівництвом видатного полководця і державного діяча Богдана Хмельницького почалася народно-визвольна війна. На Запоріжжя потяглися втікачі з Брацлавщини. За свідченням сучасника, туди направлялося «все, що лиш живо»[3].
Після перемоги запорізьких козаків під Жовтими Водами й Корсунем над польською шляхтою визвольний рух поширився на все Поділля. Численні повстанські загони нападали на поміщиків. Захопивши маєток брацлавського воєводи А. Киселя в Новосілках, повстанці забрали продовольство, худобу, порох та зброю.
Визвольна боротьба на Брацлавщині ще більше активізувалася з приходом сюди в червні 1648 року 10 тис. запорізьких козаків на чолі з Максимом Кривоносом. Тоді ж були визволені від польської шляхти міста-фортеці Тульчин, Брацлав і Погребище.
Проти повстанців виступило багатотисячне військо під проводом Яреми Вишневецького. Із звірячою жорстокістю шляхта розправлялася з населенням. Людям відрубували руки, ноги, садили на палі, вішали.
Під Махнівкою (тепер Комсомольське) відбулася перша битва між повстанськими загонами, якими керував сподвижник Кривоноса — полковник Гиря, і військом Яреми Вишневецького. 25 липня повстанці оволоділи Барською фортецею, яка в руках польської шляхти була своєрідним ключем до Східного Поділля. Під час боїв використовувались гуляй-городи — пересувні дерев'яні щити з бійницями, за якими наступали козаки й селяни.
Територія Поділля була місцем найбільших битв і військових походів. Звідси восени 1648 року виступила армія під командуванням Богдана Хмельницького назустріч польському війську. Бій під Пилявцями завершився 13 вересня повною перемогою повсталого народу. За Зборівською угодою, укладеною 8 серпня 1649 року, Західне Поділля залишилось під владою Польщі, а Брацлавщина і частина подільських земель, починаючи від Студениці, через Зіньків, Меджибіж, Бар до Вінниці відійшли до складу гетьманства.
На визволеній території було ліквідовано польське феодальне землеволодіння і королівську адміністрацію. Брацлавщина поділялася на козацькі полки: Брацлавський і Кальницький. Влада перейшла до козацької старшини. Система податків, введена польським урядом, була відмінена. Для утримання війська, суду, органів управління на населення накладалися нові податки й натуральні повинності. Від них гетьманський уряд звільняв козацьку старшину і духівництво[4].
Польській шляхті дозволялося повернутися до своїх маєтків. Це викликало рішучий протест народних мас. На Поділлі знову відновили активну діяльність повстанські загони. На Брацлавщині ними керував полковник Данило Нечай. Він згуртував навколо себе близько 40 тис. озброєних селян, які не ввійшли до складу реєстрового козацтва.
Під час молдавського походу в серпні 1650 року війська Богдана Хмельницького переходили через Брацлавщину. Багато місцевих селян приєдналося до козацького війська і взяло участь у битвах з польськими гнобителями.
