Невдоволений рішенням Переяславської ради, уряд Польщі в лютому — березні 1654 року направив свої війська на Поділля і Брацлавщину. Озвірілі загарбники винищували цілі міста і села. На захист завойованої свободи піднялися народні маси. Мужній опір населення і військ Івана Богуна змусили ворога відступити.
В листопаді — грудні того ж року королівські війська знову відновили наступ на Поділля й Брацлавщину. Запеклі бої розгорнулись під Могилевом. Винятковим героїзмом відзначилися оборонці фортеці Буші (нині Ямпільський район). В нерівному бою з переважаючим військом всі вони загинули, але не здалися ворогові.
Та наступ загарбників спинили об'єднані російські й українські полки. їх спільними діями у серпні—вересні 1655 року все Поділля і Східна Галичина були визволені. Однак польська шляхта за допомогою кримських татар у жовтні того ж року відновила своє панування на Поділлі й Брацлавщині.
Народні маси не мирилися з відновленням панування польських магнатів і продовжували боротьбу. На допомогу повсталим двічі приходили запорізькі козаки, очолювані Іваном Сірком. За другим разом запорожці прийшли із загоном російських солдатів під керівництвом воєводи Касогова[1]. Спільними діями повстанців, запорожців і російських військ влада шляхетської Польщі на землях Брацлавщини і Поділля була повалена.
Боротьба за визволення Брацлавщини і Поділля була складною і тривалою. Ці землі, будучи театром безперервних воєнних сутичок, численних вторгнень польсько-шляхетських військ і татарських орд, зазнавали великого спустошення.
Політичні інтриги і чвари ще більше посилились, коли на Правобережній Україні став гетьманом Петро Дорошенко (1665—1676 рр.). Його турецько-татарську орієнтацію не поділяли козацькі і селянські маси. Проти нього виступили брацлавський полковник В. Дрозденко, овруцький полковник Децик і уманський полковник І. Сербин. Діставши допомогу від кримських татар, Дорошенко жорстоко придушив народне повстання.
В 1670 році на Брацлавщину вриваються війська шляхетської Польщі. Замість Петра Дорошенка шляхта у Брацлаві оголосила гетьманом Правобережної України свого ставленика М. Ханенка. Його підтримували польські гарнізони, які стояли в Барі, Ладижині, Могилеві, Немирові та Рашкові.
Перебування польсько-шляхетських військ на Брацлавщині не було тривалим. Весною 1672 року сюди прийшла численна турецька армія. За Бучацьким договором вся Брацлавщина й Поділля опинилися під владою турецьких загарбників. Ця нестерпно важка окупація краю тривала 27 років[2]. Осівши на Придністров'ї, турецькі загарбники розташували свої гарнізони в Браїлові, Могилеві, Рашкові та інших містах. Брацлавщина була передана під управління васала Туреччини гетьмана Петра Дорошенка.
Турецький уряд вживав заходів, щоб послабити українські військові сили на загарбаних землях. З цією метою він скасував Подільський полк. Частина козаків цього полку переселилася на Київське Полісся і підтримувала лівобережне козацтво. Брацлавський полк продовжував своє існування, його козаки й населення вели боротьбу проти польської шляхти, турків і кримських татар.
В 1677 році на Брацлавщині спалахнуло народне повстання. До повстанців приєднався загін козаків на чолі з Мурашком. Центром повстання став Ладижин. Протягом двох тижнів героїчно оборонялися повстанці. Захопивши Ладижин, турецькі орди зруйнували місто й вирізали майже всіх людей.
Тим часом шляхетська Польща докладала немало зусиль, щоб відвоювати у турків подільські землі. В 1699 році за Карловицьким мирним договором турецькі загарбники залишили ці землі і тут відновила своє панування королівська Польща[3].