тему «Демократизація в Центральній та Східній Європі та її вплив на міжетнічні відносини», над яким також працювали науковці Австрії, Угорщини, Польщі, Німеччини, Югославії.
Велике значення в сенсі перспективної діяльності інституту мала угода, укладена з Інститутом соціальних та економічних проблем зарубіжних країн АН УРСР в Києві, яка сприяла налагодженню подальших контактів з науковими інституціями в Україні у 90-і рр. У 1993 були підписані договори з Інститутом історії України НАН України, продовжувалася співпраця з відділом Інституту світової економіки і міжнародних відносин НАН України в Ужгороді. В жовтні 1995 в Ужгороді відбувся міжнародний семінар на тему «Міжетнічні відносини у Словаччині та Україні», який продемонстрував необхідність підготовки проекту порівняльного дослідження даної проблематики в обох державах.
1995 розпочалася розробка актуальної дослідницької теми «Пам'ять поколінь як чинник формування нових ідентичностей у процесі трансформації словацького суспільства». Її виконання здійснювалося міждисциплінарним колективом, а після завершення проекту склад його учасників був розділений на два науково-дослідницькі відділи — соціальної психології та історії, які функціонують і до сьогодні. В другій половині 90-х рр. інститут утвердився як установа, орієнтована на міждисциплінарне дослідження національних меншин (у тому числі міжетнічних відносин) та соціальнопсихологічне дослідження моделей поведінки особистості в складних ситуаціях. Саме за цими напрямами здійснювалися наукові дослідження в інституті у наступні роки. Проте поза увагою науковців не залишилися такі актуальні проблеми суспільства, як безробіття, питання етнічної ідентичності, циганська проблематика, соціальна інтеграція та ін.
У 1999, на основі звернення міністерства культури Словацької Республіки та згідно з постановою уряду СР (1998) і протоколом засідання міжурядової словацько-української комісії з питань національних меншин, освітніх, культурних та наукових зв'язків, інститут розпочав роботу над темою «Русини-українці в Словаччині — словаки в Україні». Партнером інституту у виконанні проекту став Інститут соціології НАН України. Результати репрезентативного історико-соціологічного дослідження були опубліковані в окремому науковому збірнику. В 2002 здійснювалося дослідження характеру та рівня національної самосвідомості русинськоукраїнського населення у північно-східній Словаччині. У подальшому співробітництво з науково-дослідницькими установами в Україні, зокрема Інститутом історії України НАН України, відбувається в рамках проблематики діяльності Народної Ради Закарпатської України, Української Народної Ради Пряшівщини, ОУН-УПА та виконання спільного проекту «Демократичні зміни у Словаччині та Україні у перехідний період».
